Die Sauberkeit der Toiletten in Zügen bereitet den Bahnunternehmen erhebliche Probleme. Nur in einem Netz wird der Zielwert für Schadensfreiheit erreicht. Die mangelhafte Situation der Zug-Toiletten ist nicht nur für die Fahrgäste unangenehm, sondern auch für die Bahnunternehmen ein Grund zur Sorge. Laut dem baden-württembergischen Verkehrsministerium gibt es eine „desolate Sauberkeit in den Toiletten“, und die Qualität der Prüfchecklisten fällt negativ aus. Im vergangenen Jahr wurde der Zielwert von 98 Prozent für die Schadensfreiheit und Verfügbarkeit der Toiletten nur in einem Netz erreicht, während die Züge im Rheintal, rund um Freiburg und in der Region Franken-Enz am schlechtesten abschnitten.
Die Verantwortung für die Probleme wird auch der Deutschen Bahn zugeschoben. Das Landesverkehrsministerium gibt an, dass die technische Verfügbarkeit der Infrastruktureinrichtungen zur Entleerung der Toiletten und zur Frischwasserversorgung unbefriedigend ist, aufgrund von Überalterung und mangelnder Funktionalität. Die Bahn weist darauf hin, dass die finanzielle Unterstützung für die Infrastruktur nicht ausreichend ist, was zu Einschränkungen für die Kunden führt. Die Anlagen sind als störungsanfällig bekannt und werden gelegentlich falsch bedient, was zu Ausfällen führt.
Trotz des Ausbaus des Entsorgungsanlagennetzes durch die Bahn in den letzten Jahren haben sich die Störungen ebenfalls erhöht. Die Zahl der Ausfälle ist von 136 auf 627 gestiegen. Die Grünen fordern eine bessere Informationsmöglichkeit für Kunden, um die Verfügbarkeit der Entsorgungsanlagen jederzeit zu überprüfen. Ein Streckenanbieter, Go-Ahead, beklagt ebenfalls die Ausfälle und betont die Notwendigkeit einer besseren Zusammenarbeit mit der Deutschen Bahn, um die Situation zu verbessern.