In Thüringer Städten, darunter Weimar, Jena und Mühlhausen, stellen verschiedene Tierarten wie Tauben, Ratten, Waschbären, und Nilgänse ein zunehmendes Problem dar. Beschwerden über Tauben sind häufig in den Städten zu hören, was dazu führt, dass viele Kommunen auf betreute Taubenschläge setzen, um das Bevölkerungswachstum einzudämmen. Ratten, aufgrund ihrer verborgenen Lebensweise weniger offensichtlich, beschäftigen ebenfalls die Stadtverwaltungen, insbesondere in Suhl, wo Schädlingsbekämpfer aktiv werden. In Weimar hingegen erfolgt ein Umdenken im Umgang mit Ratten, da das Töten der Nagetiere langfristig nicht effektiv ist. Die Stadtverwaltung setzt stattdessen auf Maßnahmen zur Erschwerung des Zugangs zu Nahrung und Müll, um das Bevölkerungswachstum einzudämmen.
Waschbären haben sich ebenfalls in verschiedenen Städten wie Jena, Weimar und Erfurt ausgebreitet und bereiten den Bewohnern zunehmend Probleme. Die Populationen werden gejagt, um ihre Ausbreitung unter Kontrolle zu halten. Darüber hinaus konkurrieren Nilgänse in Jena mit Wanderfalken um Brutplätze, was zu Maßnahmen wie dem Verengen von Nistplätzen führt. In Erfurt werden eingewanderte Zecken als Gesundheitsgefahr für Tiere betrachtet, während der Mink, ein Raubtier, immer öfter gesichtet wird.
Die Gewässer der Stadt Weimar sind mit ausgesetzten Zierfischen und chinesischen Teichmuscheln konfrontiert, die einheimische Arten verdrängen können. In Erfurt ist der weitverbreitete Kamberkrebs eine Herausforderung, da er die Krebspest übertragen kann. Neben Problemtieren gibt es auch Arten wie Nutrias, die sich gut an das städtische Umfeld anpassen und in Jena und Erfurt keine größeren Probleme darstellen. Eine Vielzahl von Tierarten erfordert Maßnahmen und Überwachung seitens der Kommunen, um eine erfolgreiche Koexistenz zwischen Mensch und Tier sicherzustellen.