Am Universitätsklinikum Jena besteht nach Angaben des Thüringer Wissenschaftsministeriums ein weiterer Investitionsbedarf in Bauten für Forschung und Studentenausbildung. Zu den geplanten Bauprojekten zählen unter anderem ein Haus der Lehre am zentralen Standort in Jena-Lobeda, ein Forschungsbau für die Psychiatrie in der Innenstadt und ein Neubau für die Ausbildung von Zahnärzten. Die Gespräche über die Finanzierung dieser Bauprojekte laufen derzeit zwischen dem Wissenschaftsministerium, dem Finanzministerium und dem Infrastrukturministerium.
Trotz der bereits erfolgten Investitionen in den letzten zwei Jahrzehnten in Jena-Lobeda wird das Raumangebot für Forschung und Lehre als zu knapp bemessen angesehen. Insbesondere beim Haus der Lehre für Medizinstudierende wird mit einem Finanzbedarf von etwa 100 Millionen Euro gerechnet, während der Psychiatrie-Forschungsbau Kosten von rund 70 Millionen Euro veranschlagt. Zur Sicherung der Ausbildung von Zahnärzten ist ebenfalls ein Neubau erforderlich, da derzeit die vorhandenen Räumlichkeiten nicht ausreichen.
Darüber hinaus wird das Universitätsklinikum Jena künftig aufgrund der geplanten Klinikreform der Bundesregierung eine stärker koordinierende Rolle in der Krankenversorgung in Thüringen übernehmen. Bereits bestehende Netzwerke mit anderen Krankenhäusern vor Ort sollen ausgebaut werden, um spezialisierte medizinische Leistungen wie die Versorgung von Schlaganfallpatienten oder Krebskranken anzubieten. Zudem wird das Klinikum die Weiterbildung von Ärzten übernehmen und als Partner für andere Kliniken agieren.
Die Finanzierung des Universitätsklinikums Jena erfolgt hauptsächlich durch Krankenkassen, das Land Thüringen und Drittmittel, darunter auch Mittel der Deutschen Forschungsgemeinschaft. Im vergangenen Jahr wurden knapp 46.000 Menschen stationär und rund 517.000 Menschen ambulant am Klinikum behandelt. Trotz finanzieller Herausforderungen aufgrund der Pandemie wird angestrebt, die geplanten Bauprojekte bis 2030 umzusetzen und die medizinische Versorgung in der Region langfristig zu sichern.