Bei den Kommunalwahlen in Thüringen wurde diskutiert, ob Tausende Stimmzettel absichtlich ungültig gemacht wurden, um das Ergebnis zu manipulieren. Diese Vorwürfe, hauptsächlich von Rechtspopulisten wie der WerteUnion, erwiesen sich jedoch als haltlos. Albert H. Weiler, Landesvorsitzender der WerteUnion, bezeichnete die Vorfälle als „Sumpf“, während Frauke Petry, ehemalige AfD-Politikerin, nachfragte, warum keine Wahlbeobachter bei den Auszählungen anwesend waren. Es wurde behauptet, dass die ungültigen Stimmen dazu dienten, AfD und WerteUnion zu schwächen.
Es stellte sich heraus, dass in vielen Wahlbezirken ein ungewöhnlich hoher Anteil an ungültigen Stimmen abgegeben wurde, insbesondere bei den Ortsteil- und Ortschaftsbürgermeisterwahlen. Landeswahlleiter Holger Poppenhäger erklärte, dass diese erhöhte Anzahl an ungültigen Stimmen darauf zurückzuführen war, dass in vielen Ortsteilen nur ein Kandidat auf dem Stimmzettel stand und es keine Möglichkeit gab, mit „Nein“ zu stimmen. Die Wählenden mussten entweder ein Kreuz hinter dem Namen machen oder den Namen durchstreichen und einen eigenen Kandidaten vorschlagen.
Bei den Kommunalwahlen hatten die Wählerinnen und Wähler in einigen Fällen mehrere Stimmzettel auszufüllen, was zu Verwirrung und einer erhöhten Anzahl von ungültigen Stimmen führte. In der Stadt Erfurt beispielsweise gab es keine AfD-Kandidaten für die Ortsteil- und Ortschaftsbürgermeisterwahlen, was die Vorwürfe einer Benachteiligung der AfD in Frage stellte. Dies verdeutlicht, dass die Diskussion um möglichen Wahlbetrug mit ungültigen Stimmen in Thüringen auf falschen Annahmen beruhte.