Während des Hochwassers in Bayern haben viele Tiere und ihr Nachwuchs schwer gelitten. Der massive Regen führte dazu, dass zahlreiche Tiere wie Igel, Mäuse und am Boden brütende Vögel keine Überlebenschance hatten. Besonders betroffen waren auch junge Störche, von denen viele Küken im Süden Bayerns tot aufgefunden wurden.
Experten berichten von großen Verlusten bei Wiesenbrütern wie dem stark gefährdeten Großen Brachvogel im Donauraum und der Regentalaue in der Oberpfalz. Aufgrund der Überschwemmungen wurden ganze Lebensräume unter Wasser gesetzt. Trotz dieser Verluste gibt es laut dem Landesbund für Vogel- und Naturschutz in Hilpoltstein noch 500 Brutpaare des Großen Brachvogels in Bayern.
Das anhaltende Unwetter und der anhaltende Regen stellten eine tödliche Gefahr für die Vogelküken dar. Besonders für Storchenküken im Alter von drei bis vier Wochen war der Regen problematisch, da sie nicht mehr unter das Gefieder der Eltern schlüpfen konnten und somit nass wurden. Dies führte dazu, dass viele geschwächte Tiere starben.
Es gibt regionale Unterschiede in Bezug auf die Verluste durch das Hochwasser. Während im Landkreis Neuburg-Schrobenhausen und südlich des Ammersees viele Bruten betroffen waren, waren die Verluste im Norden und der Mitte Bayerns geringer. Experten sind jedoch der Meinung, dass das Hochwasser keine langfristigen Auswirkungen auf den Bestand haben wird und sich die Populationen im nächsten Jahr wieder erholen werden.
Trotz der tragischen Verluste können einige Arten von den Überschwemmungen profitieren. Wasseraffine Vögel wie der Kiebitz haben das erhöhte Wasser in weniger betroffenen Gebieten wie dem Altmühltal positiv angenommen. Es wird erwartet, dass sich die Tierpopulationen in den kommenden Jahren wieder erholen werden.