Die Deutsche Bahn warnt Zugreisende vor Reisen in die von einem schweren Unwetter betroffenen Regionen Bayern und Baden-Württemberg. Aufgrund der Auswirkungen des Unwetters gibt es zahlreiche Zugausfälle im Fernverkehr. München ist derzeit nicht mit Fernverkehrszügen aus Richtung Stuttgart, Würzburg und Nürnberg erreichbar, was zu weiteren Zugausfällen nördlich und westlich des Störungsgebiets führt. Betroffene Zugstrecken sind unter anderem München – Nürnberg – Erfurt – Berlin, Karlsruhe – Stuttgart – Ulm – Augsburg – München, Stuttgart – Mannheim – Frankfurt(M), München – Lindau – Bregenz – Zürich, Karlsruhe – Stuttgart – Crailsheim – Nürnberg und Augsburg – Kempten (Allgäu) – Oberstdorf.
Fahrgäste, die bis zum 2. Juni ihr Ticket erworben haben und es bis zum 3. Juni nutzen wollten, können dieses zu einem späteren Zeitpunkt verwenden. Neben dem Fernverkehr sind auch im Regionalverkehr Störungen zu verzeichnen, insbesondere auf der Strecke zwischen Stuttgart und Ulm. Die Linie RE5 ist aufgrund der Wetterbedingungen derzeit nicht in Betrieb. In anderen Regionen im Südwesten wie beispielsweise bei der Westfrankenbahn zwischen Miltenberg und Seckach, Wertheim und Crailsheim sowie Schöllkrippen und Hanau gibt es ebenfalls Zugausfälle und Verspätungen.
Am Wochenende hatte das Hochwasser bereits den Zugverkehr in Bayern und Baden-Württemberg stark beeinträchtigt. Besonders betroffen war die Strecke zwischen Ulm, Augsburg und München, wo sowohl im Fern- als auch im Regionalverkehr der Zugverkehr komplett eingestellt werden musste. Die Deutsche Bahn rät daher dringend davon ab, in die betroffenen Hochwassergebiete zu reisen und empfiehlt, nicht unbedingt erforderliche Reisen zu verschieben, da es auch bei den verbleibenden Zügen zu einer hohen Auslastung kommen kann.