Die anhaltenden Regenfälle und das Hochwasser haben in Bayern zu zahlreichen Einsätzen von Polizei und Feuerwehr geführt. Besonders betroffen waren die Regionen Schwaben und nördliches Oberbayern. Feuerwehrleute mussten Barrieren errichten, um Straßen in Ichenhausen vor den überfluteten Wassermassen der Günz zu schützen. Im Kraftwerk in Günzburg ergossen sich die Fluten der Donau, während ein ICE der Deutschen Bahn die Brücke passieren konnte, obwohl die Zufahrt zur Donau aufgrund des steigenden Hochwassers gesperrt war.
Im Landkreis Günzburg wurden am Samstag die Pegelstände eines Jahrhunderthochwassers erreicht. Der Landrat Hans Reichhart rief bereits am Freitagabend den Katastrophenfall aus. In München stieg der Pegel der Isar aufgrund des Dauerregens an, wodurch die Meldestufen 1 und 2 erreicht wurden. Die Feuerwehr war in der Nacht im Dauereinsatz und musste mit überfluteten Straßen und Kellern in der Landeshauptstadt kämpfen.
Auch in anderen Regionen Bayerns, wie Kirchhaslach im Unterallgäu und Lauingen im Landkreis Dillingen, führten kleine Gewässer zu Überschwemmungen. Die Polizei in Schwaben war seit Freitagabend rund 50 Mal wegen des Hochwassers im Einsatz. Die Anrufe bezogen sich hauptsächlich auf überflutete Keller, was zu zahlreichen Einsätzen der Feuerwehr führte. In Lauingen hat die ansonsten ruhige Donau aufgrund des Hochwassers und der starken Strömung für Aufsehen gesorgt, während Anwohner das Geschehen aus der Ferne beobachteten.