Eine Woche vor der Europawahl hat der Freie-Wähler-Chef ungewohnt scharfe Kritik an der CSU geübt. Bei der Landesversammlung seiner Partei in Bamberg griff er den CSU-Spitzenkandidaten Manfred Weber direkt an. Aiwanger konterte Webers Vorwurf, er sei in den vergangenen Jahren zu selten in Brüssel gewesen, indem er Weber als „Totalausfall“ bezeichnete und betonte, dass die Freien Wähler sicherstellen würden, dass Weber keine „Unsinn“ mehr in Brüssel treibt.
Des Weiteren warf Aiwanger den Grünen vor, die Bürger mit ideologischer Politik zu spalten und betonte die Bedeutung einer transparenten und bürgernahen Politik. Aiwanger forderte dazu auf, die Bürger in Entscheidungsprozesse einzubeziehen und ernst zu nehmen, insbesondere im Hinblick auf kontroverse Themen wie die Energiewende und den Ausbau von Windkraftanlagen.
Die Europa-Spitzenkandidatin der Freien Wähler, Christine Singer, setzte sich ebenfalls für einen Abbau von Bürokratie und klarere Zuständigkeiten innerhalb der EU ein. Sie betonte die Notwendigkeit, einer zu starken Zentralisierung innerhalb der EU entgegenzuwirken.
In Bezug auf die Europawahl am 9. Juni 2019 wies Aiwanger darauf hin, dass das Europäische Parlament direkt gewählt wird. Bei der vorherigen Europawahl hatten die Freien Wähler in Bayern 5,3 Prozent der Stimmen erreicht, während die CSU mit 40,7 Prozent den Großteil der Stimmen erhalten hatte.