Der FC Ingolstadt sicherte sich den Titel als bayerischer Toto-Pokal-Sieger nach einem beeindruckenden 2:1-Sieg im Finale gegen den Regionalliga-Meister Kickers Würzburg. Diese Leistung ermöglicht es dem früheren Erstligisten, Bayern auf Landesebene im DFB-Pokal zu vertreten. Sollte Kickers Würzburg in der Relegation gegen Hannover 96 II erfolgreich sein und in die Dritte Liga aufsteigen, würden sie als 13. Drittligist am Wettbewerb teilnehmen.
Weitere Qualifikanten am Finaltag der Amateure sind der 1. FC Saarbrücken (2:1 gegen Homburg), SV Sandhausen (8:0 gegen Mühlhausen), Alemannia Aachen (3:2 gegen Bonn), Rot-Weiss Essen (3:0 gegen Oberhausen), Energie Cottbus (3:1 gegen Babelsberg) und Arminia Bielefeld (3:1 gegen Verl). Dynamo Dresden sicherte sich bereits zuvor einen Platz im DFB-Pokal durch einen 2:0-Sieg gegen Erzgebirge Aue.
Neben den genannten Teams haben auch die beiden Zweitliga-Absteiger Osnabrück und Hansa Rostock sowie der Verlierer der Relegationspartie zwischen Wiesbaden und Regensburg ihre Teilnahme am DFB-Pokal gesichert. Es ist zu erwähnen, dass sich die Löwen in diesem Sommer erneut nicht für den hochkarätigen Wettbewerb qualifizierten, was bereits das zweite Jahr in Folge ist. Das Team um Trainer Giannikis wird lediglich im Toto-Pokal antreten dürfen.