Das Bahnprojekt Stuttgart 21 steht weiterhin in der Kritik, da Zehntausende von Tieren, darunter einige Eidechsenarten und der emblematische Juchtenkäfer, durch die Baumaßnahmen ihren Lebensraum verloren haben. Die Deutsche Bahn gab an, dass die Umsiedlungen erfolgreich verliefen, während der Bund für Umwelt und Naturschutz Deutschland (BUND) Zweifel äußerte. In Neuhausen auf den Fildern baute die Bahn das größte Terrarium Deutschlands, um Hunderte von Eidechsen zu sammeln und hermetisch abzuriegeln, um ihre Vermischung mit lokalen Arten zu verhindern.
Für den Schutz des Juchtenkäfers investierte die Bahn 400.000 Euro, um Lebensraum zu schaffen, nachdem für Stuttgart 21 sechs potenzielle Lebensraumbäume gefällt wurden. Das Gelände wurde entsprechend angepasst, und trotz fehlender Sichtungen des Käfers gibt es Hinweise auf seine Anwesenheit. Der BUND kritisiert die Intransparenz der Bahn in Bezug auf die Artenschutzmaßnahmen und bemängelt die spärlichen Informationen seitens des Eisenbahnbundesamts.
Wolf-Dietrich Paul vom BUND Stuttgart äußerte Zweifel an den Entscheidungen zum Artenschutz, insbesondere bezüglich der Umsiedlung der Zauneidechse. Er fordert mehr Informationen und kritisiert, dass der Schutz der Zauneidechse an Orten, an denen sie häufig vorkommt, sinnvoller wäre. Paul begrüßt zwar den Schutz des Juchtenkäfers im Schönbuch, äußert jedoch Bedenken hinsichtlich der Effektivität der künstlichen Höhlen. Die Zukunft wird zeigen, ob die Maßnahmen den Schutz der Tierarten gewährleisten können.