Das Landesamt für Verfassungsschutz Thüringen hat die Junge Alternative Thüringen (JA) als erwiesen rechtsextremistisch eingestuft. Die Positionen, die von der Jugendorganisation der AfD Thüringen vertreten werden, seien nach Angaben der Behörde unvereinbar mit dem Grundgesetz und der Thüringer Landesverfassung. Selbst während der Phase, in der die JA als Verdachtsfall behandelt wurde, hat sich die Organisation laut dem Verfassungsschutz nicht politisch gemäßigt. Im Gegenteil wurden Personen, die für moderatere Positionen eintraten, marginalisiert und abgewählt.
Die aktuelle JA Thüringen bezieht sich regelmäßig auf ein ethnisch homogenes deutsches Staatsvolk und eine deutsche Abstammungsgemeinschaft, was nach Ansicht des Landesamts biologistische Annahmen über die Zugehörigkeit zum Deutschtum formuliert. Diese Auffassungen stehen im Widerspruch zum Grundgesetz. Verfassungsschutzpräsident Stephan Kramer betonte zudem, dass die JA die Thüringer AfD dabei unterstütze, junge Menschen durch Versprechen von Gemeinschaft und Zugehörigkeit zu radikalisieren. Die Jugendorganisation habe sich vollständig auf die Linie von AfD-Chef Björn Höcke eingestellt.
Die Junge Alternative Thüringen wurde seit 2021 als rechtsextremistischer Verdachtsfall behandelt und laut Verfassungsschutz hat sie sich seitdem nicht politisch gemäßigt. Die endgültige Einstufung als gesichert rechtsextremistisch wurde wirksam zum 28. März 2024 durchgeführt.