Im Jahr 1999 wurde Partenkirchen von einem verheerenden Hochwasser getroffen. Die Fluten verwandelten die Straßen in reißende Flüsse, während Hinterhöfe und Keller zu Schwimmbädern wurden. Johann Schillinger, ein früherer Hausmeister der St.-Irmengard-Schulen, erinnert sich an die dramatischen Stunden des Hochwassers. Wasser drang wie ein Sturzfluss in die Turnhallen ein, Fensterscheiben barsten und das Untergeschoss wurde geflutet. Trotz Einsatz eines Wassersaugers war das Eindringen des Wassers nicht zu stoppen. Die Nacht war von Chaos geprägt, und am frühen Morgen versiegte der Strom, die Alarmanlage ertönte.
Die Aufräumarbeiten nach der Flut waren mühsam. Der Schlamm, der von der Kanker mitgeschwemmt worden war, musste schnell entfernt werden, bevor er zu Beton aushärtete. Mit Schneeschaufeln wurde der Schlamm weggeschoben, Pumpen von Feuerwehr und Technischem Hilfswerk waren im Einsatz, um das Wasser abzupumpen. Trotz der massiven Schäden an der Schule und an persönlichem Eigentum blieb Schillinger vor Ort und packte mit an. Die Solidarität und Hilfe der gesamten Schulfamilie war überwältigend. Lehrer, Schüler, Eltern und ehemalige Schüler arbeiteten zusammen, um die zerstörten Bereiche zu reinigen und wiederherzustellen.
Zwei Wochen nach der Katastrophe konnte der Unterricht dank des engagierten Einsatzes aller Beteiligten wieder aufgenommen werden. Die Schule wurde nach einer Schätzung von 7,5 Millionen D-Mark umfassend saniert. Trotz der anstrengenden Zeit und Bauarbeiten bei laufendem Betrieb wurde der Schulbetrieb weitergeführt. Wichtige Schutzmaßnahmen, wie die Installation von Rückschlagventilen im Kanal und Hochwasserschotten, wurden umgesetzt, um die Schule künftig besser vor Flutschäden zu schützen.
Im Jahr 2005 bewährten sich diese Schutzmaßnahmen, als erneute Hochwassergefahr drohte. Dank der rechtzeitigen Vorsorge blieb die St.-Irmengard-Schule verschont, und die Erinnerungen an das verheerende Pfingsthochwasser von 1999 wurden lebendig.