In der Relegation zum Aufstieg in die Regionalliga Bayern stehen drei Teams zur Auswahl: der FC Eintracht Bamberg, der TSV Buchbach und der VfB Eichstätt als Zweitplatzierter der Bayernliga Nord. Aufgrund der Vereinswünsche wird ein Jeder-gegen-Jeden-Modus angewendet, um eine Tabelle zu erstellen. Die beiden Erstplatzierten dieser Relegationsrunde werden in der Saison 2024/25 in der Regionalliga antreten, ebenso wie der Letztplatzierte, sofern die Würzburger Kickers die Aufstiegs-Relegation gegen den Meister der Regionalliga Nord, Hannover 96 II, erfolgreich bestreiten. Die Termine für die Relegationsspiele lauten wie folgt: Eichstätt gegen Bamberg am Dienstag, 21. Mai, Buchbach gegen Eichstätt am Freitag, 24. Mai, und Bamberg gegen Buchbach am Dienstag, 28. Mai.
Für die Entscheidung um den Aufstieg in die Bayernligen wurden drei Gruppen mit je vier Mannschaften gebildet, wobei nur der Gruppensieger sich qualifizieren kann. In der Nordgruppe treten der TSV Großbardorf gegen den FC Coburg sowie der TSV Nürnberg-Buch gegen den Würzburger FV an. Die Mittegruppe sieht den TSV Seebach gegen den VfR Garching und den TSV 1880 Wasserburg gegen Fortuna Regensburg antreten. In der Südgruppe spielen FC Kempten gegen Türkspor Augsburg sowie FC Gundelfingen gegen den TSV 1865 Dachau. Die Spiele finden am Mittwoch, 22. Mai, statt, mit den Rückspielen am Samstag, 25. Mai.
Die Relegation um den Aufstieg in die fünf Landesligen wird in sieben Vierergruppen ausgetragen, wobei jeweils nur der Gruppenerste eine Aufstiegschance erhält. In der Süd-Ost-Gruppe treten der SV Hutthurm gegen den SSV Eggenfelden und der FC Ergolding gegen die SpVgg Osterhofen an. Die Hinspiele finden am Donnerstag, 23. Mai, statt, gefolgt von den Rückspielen am Sonntag, 26. Mai.